Переход на СПО в научной среде: ищем замену
Содержание:
1. Текущее положение дел;
2.Ищем замену (Вы читаете данный раздел);
3. Боремся с формулами.
Все ПО, используемое типичным научным сотрудником, можно разделить на три категории:
- ПО для непосредственного получения научных результатов.
- ПО для написания статей и создания презентаций по этим результатам.
- Обычное повседневное ПО (браузер, файловый менеджер, архиватор).
С последней категорией в плане СПО все прекрасно и останавливаться на ней смысла не имеет. С первой категорией ситуация более сложная и сильно зависит от конкретной области науки, в которой работает пользователь. В нашей области (биоинформатика и вычислительная биофизика) практически все популярные программы изначально написаны для Linux и являются либо свободными, либо бесплатными, но с лицензионными ограничениями на распространение. Мы регулярно используем Gromacs, VMD, PyMol, Ecce, Gamess, MOPAC и т.д. и все они либо вообще не работают работают в Windows, либо в Linux работают намного лучше. Кроме того, все ресурсоемкие вычисления проводятся на кластерах под управлением Linux. Имея Linux на локальной машине управление вычислительными задачами на кластере практически ничем не отличается от их локального запуска, кроме, разве что, доступа по ssh. В Windows для этого нужно использовать ssh-клиенты вроде Putty и бороться с полной чужеродностью командной строки кластера.
Молекулярное моделирование при помощи MOPAC
Мне сложно обобщать наш опыт на те науки, в которых я не являюсь специалистом, но наверняка есть области, где необходимое ПО существует исключительно в варианте для Windows. Даже у нас нашлась одна важная программа, аналога которой в Linux нет. Это инженерно-математический пакет MathCad. Он уникален тем, что позволяет располагать формулы в произвольном порядке на рабочем листе, в точности так, как обычно пишут теоретики на бумаге. Он отслеживает зависимости переменных, чего нет ни в одном другом математическом пакете, и позволяет набирать формулы и строить графики в полностью визуальном режиме, не запоминая синтаксиса команд. Это может показаться надуманным недостатком, но взять несложный интеграл в MathCad можно быстрее, чем, например, в wxMaxima просто потому, что не нужно копаться в документации, чтобы вспомнить, как правильно записать символ бесконечности. Наконец, файлы MathCad, накопившиеся за годы работы, никакой другой программой нельзя даже прочитать. Как ни старались мы заменить MathCad с помощью свободных wxMaxima и Sage, полноценной замены все равно не получилось. Опыт показал, что рядовой аспирант не готов изучать еще один заковыристый синтаксис только ради того, чтобы заменить прекрасно работающую и привычную программу (пусть и пиратскую) чем-то непонятным и несовместимым - затраты времени просто не окупаются.
Когда мы переходим к программам для представления данных и написания статей, проблемы начинают множиться. По сути здесь необходима связка «текстовый редактор + редактор формул + менеджер библиографии + редактор графиков». В Windows это выглядит как «MS Word + MathType + EndNote + Origin». В Linux без труда выстроить сразу несколько аналогичных связок. Можно погрузиться в дебри TeX: «LyX + LaTeX + BibTeX». Графики при этом можно строить в любой программе, экспортирующей eps-файлы, например в grace, QtiPlot или gnuplot. Исторически сложилось так, что ни я, ни кто-либо другой из наших сотрудников никогда серьезно не работал с LaTeX, так что «барьер вхождения» был бы слишком высоким для всех. Кроме того, мне как человеку, постоянно занимающемуся программированием, просто хочется сосредоточиться на тексте и отдохнуть от кода, когда я пишу статью, а LaTeX такой возможности не дает. LaTeX - это особый мир и особая «субкультура», к которой надо приобщаться с самого начала научной карьеры, а лучше еще раньше. Для зрелого специалиста переход на LaTeX требует такой ломки всех навыков и привычек, что не оправдывает вложенных усилий и времени.
Самым близким аналогом связки программ для Windows будет набор «LibreOffice Writer + LibreOffice Math + Zotero + QtiPlot». Все они работают по принципу WYSIWYG, да и интерфейс во многом будет знакомым. Особых претензий к LibreOffice Writer и Zotero нет, но вот LibreOffice Math и QtiPlot портят все впечатление.
1. Текущее положение дел;
2.
3. Боремся с формулами.
Все ПО, используемое типичным научным сотрудником, можно разделить на три категории:
- ПО для непосредственного получения научных результатов.
- ПО для написания статей и создания презентаций по этим результатам.
- Обычное повседневное ПО (браузер, файловый менеджер, архиватор).
С последней категорией в плане СПО все прекрасно и останавливаться на ней смысла не имеет. С первой категорией ситуация более сложная и сильно зависит от конкретной области науки, в которой работает пользователь. В нашей области (биоинформатика и вычислительная биофизика) практически все популярные программы изначально написаны для Linux и являются либо свободными, либо бесплатными, но с лицензионными ограничениями на распространение. Мы регулярно используем Gromacs, VMD, PyMol, Ecce, Gamess, MOPAC и т.д. и все они либо вообще не работают работают в Windows, либо в Linux работают намного лучше. Кроме того, все ресурсоемкие вычисления проводятся на кластерах под управлением Linux. Имея Linux на локальной машине управление вычислительными задачами на кластере практически ничем не отличается от их локального запуска, кроме, разве что, доступа по ssh. В Windows для этого нужно использовать ssh-клиенты вроде Putty и бороться с полной чужеродностью командной строки кластера.
Молекулярное моделирование при помощи MOPAC
Мне сложно обобщать наш опыт на те науки, в которых я не являюсь специалистом, но наверняка есть области, где необходимое ПО существует исключительно в варианте для Windows. Даже у нас нашлась одна важная программа, аналога которой в Linux нет. Это инженерно-математический пакет MathCad. Он уникален тем, что позволяет располагать формулы в произвольном порядке на рабочем листе, в точности так, как обычно пишут теоретики на бумаге. Он отслеживает зависимости переменных, чего нет ни в одном другом математическом пакете, и позволяет набирать формулы и строить графики в полностью визуальном режиме, не запоминая синтаксиса команд. Это может показаться надуманным недостатком, но взять несложный интеграл в MathCad можно быстрее, чем, например, в wxMaxima просто потому, что не нужно копаться в документации, чтобы вспомнить, как правильно записать символ бесконечности. Наконец, файлы MathCad, накопившиеся за годы работы, никакой другой программой нельзя даже прочитать. Как ни старались мы заменить MathCad с помощью свободных wxMaxima и Sage, полноценной замены все равно не получилось. Опыт показал, что рядовой аспирант не готов изучать еще один заковыристый синтаксис только ради того, чтобы заменить прекрасно работающую и привычную программу (пусть и пиратскую) чем-то непонятным и несовместимым - затраты времени просто не окупаются.
Когда мы переходим к программам для представления данных и написания статей, проблемы начинают множиться. По сути здесь необходима связка «текстовый редактор + редактор формул + менеджер библиографии + редактор графиков». В Windows это выглядит как «MS Word + MathType + EndNote + Origin». В Linux без труда выстроить сразу несколько аналогичных связок. Можно погрузиться в дебри TeX: «LyX + LaTeX + BibTeX». Графики при этом можно строить в любой программе, экспортирующей eps-файлы, например в grace, QtiPlot или gnuplot. Исторически сложилось так, что ни я, ни кто-либо другой из наших сотрудников никогда серьезно не работал с LaTeX, так что «барьер вхождения» был бы слишком высоким для всех. Кроме того, мне как человеку, постоянно занимающемуся программированием, просто хочется сосредоточиться на тексте и отдохнуть от кода, когда я пишу статью, а LaTeX такой возможности не дает. LaTeX - это особый мир и особая «субкультура», к которой надо приобщаться с самого начала научной карьеры, а лучше еще раньше. Для зрелого специалиста переход на LaTeX требует такой ломки всех навыков и привычек, что не оправдывает вложенных усилий и времени.
Самым близким аналогом связки программ для Windows будет набор «LibreOffice Writer + LibreOffice Math + Zotero + QtiPlot». Все они работают по принципу WYSIWYG, да и интерфейс во многом будет знакомым. Особых претензий к LibreOffice Writer и Zotero нет, но вот LibreOffice Math и QtiPlot портят все впечатление.
