NWChem
Содержание:
1. Gromacs;
2. NAMD;
3.NWChem (Вы читаете данный раздел);
4. GAMESS и Firefly: антипример.
Пакет NWChem (http://www.nwchem-sw.org) объединяет методы квантовой химии, классической молекулярной динамики и комбинированной квантово-классической динамики (QM/MM) в едином интерфейсе. Эта программа разрабатывается в лаборатории Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) в Национальной тихоокеанской северо-западной лаборатории США (PNNL). Финансирование разработки идет из той же лаборатории. Программа распространяется по открытой лицензии ECL 2.0, совместимой с GPLv3.
NWChem - программа «старой школы». Она написана на Fortran 77 с вкраплениями кода на Си. Процесс компиляции и установки столь же архаичен: нужно вручную установить ряд переменных окружения, скопировать ряд файлов, прописать пути и т.п. Тем не менее, командный интерфейс NWChem на удивление логичен и структурирован. По удобочитаемости его синтаксис на порядок превосходит все другие пакеты квантовой химии, которые мне доводилось видеть.
NWChem довольно сложна в изучение, поэтому авторы предлагают курс по обучению специалистов, который стоит больше 10 тыс. долларов. Ну, а что Вы хотели - молекулярное моделирование гораздо сложнее, чем ремонт iphone (http://remont-marino.ru/iphone/) или программирование. Конечно же, и научной пользы от такого труда в разы больше!
Список возможностей программы также впечатляет (http://www.nwchem-sw.org/index.php/ Release61 Capabilities): тут и практически все возможные квантовохимические методы (Hartree-Fock, DFT, MP2, CASSCF, PPW), и методы QM/MM, и классическая молекулярная динамика, и поляризуемые силовые поля. Основная сила NWChem - в прекрасном параллельном масштабировании. Пакет способен без проблем распараллеливаться на сотнях и тысячах процессоров в самых разных параллельных средах. Насколько мне известно, ни один другой квантовомеханический пакет (включая коммерческие) на это не способен. Несмотря на «древнюю» кодовую базу, в NWChem реализован удобный интерфейс к языку Python.
С помощью скриптов можно получать доступ к внутренним структурам данных и результатам расчетов, управлять поведением программы, анализировать и фильтровать результаты. Документация к пакету очень подробна, содержит детальное описание синтаксиса всех команд и практические примеры. Тем не менее, ощущается нехватка руководств и обучающих материалов. Свою роль тут играет и относительно небольшое сообщество пользователей.
На мой взгляд, основной проблемой NWChem является его недостаточная популяризация и некоторая зацикленность разработчиков на тех областях, которые интересны именно им. Например, модули для классической молекулярной динамики описаны откровенно хуже, чем квантовомеханические. Свою роль играет и код на фортране - с каждым годом все сложнее найти в сообществе энтузиастов, способных в нем разобраться.
1. Gromacs;
2. NAMD;
3.
4. GAMESS и Firefly: антипример.
Пакет NWChem (http://www.nwchem-sw.org) объединяет методы квантовой химии, классической молекулярной динамики и комбинированной квантово-классической динамики (QM/MM) в едином интерфейсе. Эта программа разрабатывается в лаборатории Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) в Национальной тихоокеанской северо-западной лаборатории США (PNNL). Финансирование разработки идет из той же лаборатории. Программа распространяется по открытой лицензии ECL 2.0, совместимой с GPLv3.
NWChem - программа «старой школы». Она написана на Fortran 77 с вкраплениями кода на Си. Процесс компиляции и установки столь же архаичен: нужно вручную установить ряд переменных окружения, скопировать ряд файлов, прописать пути и т.п. Тем не менее, командный интерфейс NWChem на удивление логичен и структурирован. По удобочитаемости его синтаксис на порядок превосходит все другие пакеты квантовой химии, которые мне доводилось видеть.
NWChem довольно сложна в изучение, поэтому авторы предлагают курс по обучению специалистов, который стоит больше 10 тыс. долларов. Ну, а что Вы хотели - молекулярное моделирование гораздо сложнее, чем ремонт iphone (http://remont-marino.ru/iphone/) или программирование. Конечно же, и научной пользы от такого труда в разы больше!
Список возможностей программы также впечатляет (http://www.nwchem-sw.org/index.php/ Release61 Capabilities): тут и практически все возможные квантовохимические методы (Hartree-Fock, DFT, MP2, CASSCF, PPW), и методы QM/MM, и классическая молекулярная динамика, и поляризуемые силовые поля. Основная сила NWChem - в прекрасном параллельном масштабировании. Пакет способен без проблем распараллеливаться на сотнях и тысячах процессоров в самых разных параллельных средах. Насколько мне известно, ни один другой квантовомеханический пакет (включая коммерческие) на это не способен. Несмотря на «древнюю» кодовую базу, в NWChem реализован удобный интерфейс к языку Python.
С помощью скриптов можно получать доступ к внутренним структурам данных и результатам расчетов, управлять поведением программы, анализировать и фильтровать результаты. Документация к пакету очень подробна, содержит детальное описание синтаксиса всех команд и практические примеры. Тем не менее, ощущается нехватка руководств и обучающих материалов. Свою роль тут играет и относительно небольшое сообщество пользователей.
На мой взгляд, основной проблемой NWChem является его недостаточная популяризация и некоторая зацикленность разработчиков на тех областях, которые интересны именно им. Например, модули для классической молекулярной динамики описаны откровенно хуже, чем квантовомеханические. Свою роль играет и код на фортране - с каждым годом все сложнее найти в сообществе энтузиастов, способных в нем разобраться.
