NAMD
Содержание:
1. Gromacs;
2.NAMD (Вы читаете данный раздел);
3. NWChem;
4. GAMESS и Firefly: антипример.
NAMD (Not (just) Another Molecular Dynamics program, http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd) - это еще один популярный пакет молекулярной динамики, который разрабатывается в Университете Иллинойса (США) с 1995 года. NAMD часто ошибочно считают закрытой программой из-за того, что условия лицензии описаны на официальном сайте совершенно невнятно. Пакет лицензирован по University of Illinois/NCSA Open Source License, которая является «доморощенным гибридом» весьма либеральных открытых лицензий MIT/X11 и BSD, т.е. код можно свободно включать даже в коммерческие разработки. Философия NAMD во многом противоположна подходу, используемому в Gromacs.
NAMD основывается на форматах файлов (которые уже порядком устарели) и силовых полях, заимствованных из коммерческого пакета CHARMm. Разработчики очень консервативны - они не вносят никаких изменений, которые могут повлиять на обратную совместимость. Новая функциональность «навешивается» в виде отдельных модулей, которые зачастую имеют другой командный синтаксис. NAMD предоставляет более низкоуровневый интерфейс, чем Gromacs: пользователю приходится вручную вносить те данные, которые можно спокойно прочитать из файлов. В отличие от Gromacs в NAMD вообще нет никаких встроенных средств анализа траекторий (для этого предусмотрена отдельная программа-компаньон - VMD).
В то же время в NAMD есть уникальная и очень мощная черта - встроенный интерпретатор языка TCL. С его помощью можно задавать сложные сценарии расчетов, «на лету» изменять силы, действующие на систему, работать с коллективными переменными. Официальной рекомендацией является установка NAMD в виде готового бинарного пакета. Имеются отдельные сборки для многоядерных рабочих станций с Linux, для кластеров Linux с сетью типа Ethernet, Gigabit, InfiniBand, а также для Mac OS X, Windows и Solaris. Инсталляция из исходных кодов довольно сложна из-за необходимости установки особой библиотеки параллельного взаимодействия Charmm++, которая собирается по-разному для многоядерных машин и для кластеров на основе MPI (для большей путаницы она не имеет ничего общего с программой CHARMm).
Официальная документация NAMD довольно подробна, но она чисто техническая - никаких данных об ис-пользуемых алгоритмах и физических основах методов в ней нет. Чтобы начать работать с пакетом, нужно прочитать одно из руководств или обучающих курсов, которые в избытке имеются на официальном сайте. В плане производительности NAMD и Gromacs показывают сопоставимые результаты, которые сильно зависят от специфики исследуемой системы.
Ваша компания разработала отличную программу молекулярного моделирования, которая значительно превышает функционал и возможности всемирно известной NAMD? Тогда Вам следует знать, что успех вашего продукта напрямую зависит не от его качества, а от ITIL (http://www.cleverics.ru/ru/), ITSM и COBIT!
Заинтересовались и хотите узнать подробности? В таком случае, посетите сайт
1. Gromacs;
2.
3. NWChem;
4. GAMESS и Firefly: антипример.
NAMD (Not (just) Another Molecular Dynamics program, http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd) - это еще один популярный пакет молекулярной динамики, который разрабатывается в Университете Иллинойса (США) с 1995 года. NAMD часто ошибочно считают закрытой программой из-за того, что условия лицензии описаны на официальном сайте совершенно невнятно. Пакет лицензирован по University of Illinois/NCSA Open Source License, которая является «доморощенным гибридом» весьма либеральных открытых лицензий MIT/X11 и BSD, т.е. код можно свободно включать даже в коммерческие разработки. Философия NAMD во многом противоположна подходу, используемому в Gromacs.
NAMD основывается на форматах файлов (которые уже порядком устарели) и силовых полях, заимствованных из коммерческого пакета CHARMm. Разработчики очень консервативны - они не вносят никаких изменений, которые могут повлиять на обратную совместимость. Новая функциональность «навешивается» в виде отдельных модулей, которые зачастую имеют другой командный синтаксис. NAMD предоставляет более низкоуровневый интерфейс, чем Gromacs: пользователю приходится вручную вносить те данные, которые можно спокойно прочитать из файлов. В отличие от Gromacs в NAMD вообще нет никаких встроенных средств анализа траекторий (для этого предусмотрена отдельная программа-компаньон - VMD).
В то же время в NAMD есть уникальная и очень мощная черта - встроенный интерпретатор языка TCL. С его помощью можно задавать сложные сценарии расчетов, «на лету» изменять силы, действующие на систему, работать с коллективными переменными. Официальной рекомендацией является установка NAMD в виде готового бинарного пакета. Имеются отдельные сборки для многоядерных рабочих станций с Linux, для кластеров Linux с сетью типа Ethernet, Gigabit, InfiniBand, а также для Mac OS X, Windows и Solaris. Инсталляция из исходных кодов довольно сложна из-за необходимости установки особой библиотеки параллельного взаимодействия Charmm++, которая собирается по-разному для многоядерных машин и для кластеров на основе MPI (для большей путаницы она не имеет ничего общего с программой CHARMm).
Официальная документация NAMD довольно подробна, но она чисто техническая - никаких данных об ис-пользуемых алгоритмах и физических основах методов в ней нет. Чтобы начать работать с пакетом, нужно прочитать одно из руководств или обучающих курсов, которые в избытке имеются на официальном сайте. В плане производительности NAMD и Gromacs показывают сопоставимые результаты, которые сильно зависят от специфики исследуемой системы.
Ваша компания разработала отличную программу молекулярного моделирования, которая значительно превышает функционал и возможности всемирно известной NAMD? Тогда Вам следует знать, что успех вашего продукта напрямую зависит не от его качества, а от ITIL (http://www.cleverics.ru/ru/), ITSM и COBIT!
Заинтересовались и хотите узнать подробности? В таком случае, посетите сайт
