GAMESS и Firefly
Содержание:
1. Gromacs;
2. NAMD;
3. NWChem;
4.GAMESS и Firefly: антипример (Вы читаете данный раздел).
Популярные квантовохимические пакеты GAMESS и Firefly имеют запутанную историю, которая наглядно демонстрирует недостатки закрытости в мире научного ПО.
В далеком 1977 году была создана одна из самых старых программ для квантовой химии GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System). В 1981 году проект раскололся на две ветви: GAMESS (US) и GAMESS (UK), названные по «географии» их разработчиков. Обе ветви существенно разошлись в своем развитии и дожили до сегодняшнего дня, но ни одна из низ не является свободным ПО. GAMESS (UK) - проприетарная программа, являющаяся бесплатной только для академических учреждений Великобритании. GAMESS (US) бесплатна, но эксклюзивные права на распространение остаются у разработчиков, а пользователь даже не имеет прав на копирование за пределами оговоренной в лицензии лаборатории.
Молекулярное моделирование с использованием GAMESS
В 1994 году профессор Александр Грановский из МГУ создал форк GAMESS (US) и назвал его PC GAMESS (лицензионные аспекты этого шага остаются для меня загадкой). В 1999 году заимствование кода из GAMESS (US) прекратилось и проект стал полностью независимым, но по возможности сохранял обратную совместимость на уровне входных и выходных файлов. В 2009 году проект был переименован в Firefly. Firefly работает намного быстрее оригинального GAMESS и использует возможности современных процессоров, поэтому сейчас он плотно обосновался на многих вычислительных кластерах. Firefly не является свободным ПО - это классическое freeware с запретом на распространение, модификацию и даже без исходного кода. Тем не менее, именно эта программа ошибочно расценивается многими учеными как единственная бесплатная альтернатива безумно дорогому GAUSSIAN. Кроме того, многие программы визуализации поддерживают формат GAMESS/Firefly, что также способствует их популярности.
В результате, на сегодня имеется «зоопарк» из трех различных веток GAMESS, которые далеко не полностью совместимы. Документация и руководства фрагментированы, примеры не запускаются в программе другой ветки, а сообщество пользователей разобщено. Учитывая откровенно неудобный синтаксис входных файлов GAMESS/Firefly, неразбериха с версиями на порядок усложняет поиск информации о смысле параметров. Остается только гадать, почему Firefly не сделали открытым. Учитывая огромную сложность квантовохимического ПО, авторам вряд ли нужно опасаться форков, которые могут подорвать их авторитет, а коммерческих целей проект и так не преследует. Вместе с тем, появление открытого аналога GAMESS привлекло бы к программе множество новых пользователей и, возможно, даже разработчиков. Тем не менее, этого не произошло и альтернативы NWChem среди открытых программ сейчас не видно.
1. Gromacs;
2. NAMD;
3. NWChem;
4.
Популярные квантовохимические пакеты GAMESS и Firefly имеют запутанную историю, которая наглядно демонстрирует недостатки закрытости в мире научного ПО.
В далеком 1977 году была создана одна из самых старых программ для квантовой химии GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System). В 1981 году проект раскололся на две ветви: GAMESS (US) и GAMESS (UK), названные по «географии» их разработчиков. Обе ветви существенно разошлись в своем развитии и дожили до сегодняшнего дня, но ни одна из низ не является свободным ПО. GAMESS (UK) - проприетарная программа, являющаяся бесплатной только для академических учреждений Великобритании. GAMESS (US) бесплатна, но эксклюзивные права на распространение остаются у разработчиков, а пользователь даже не имеет прав на копирование за пределами оговоренной в лицензии лаборатории.
Молекулярное моделирование с использованием GAMESS
В 1994 году профессор Александр Грановский из МГУ создал форк GAMESS (US) и назвал его PC GAMESS (лицензионные аспекты этого шага остаются для меня загадкой). В 1999 году заимствование кода из GAMESS (US) прекратилось и проект стал полностью независимым, но по возможности сохранял обратную совместимость на уровне входных и выходных файлов. В 2009 году проект был переименован в Firefly. Firefly работает намного быстрее оригинального GAMESS и использует возможности современных процессоров, поэтому сейчас он плотно обосновался на многих вычислительных кластерах. Firefly не является свободным ПО - это классическое freeware с запретом на распространение, модификацию и даже без исходного кода. Тем не менее, именно эта программа ошибочно расценивается многими учеными как единственная бесплатная альтернатива безумно дорогому GAUSSIAN. Кроме того, многие программы визуализации поддерживают формат GAMESS/Firefly, что также способствует их популярности.
В результате, на сегодня имеется «зоопарк» из трех различных веток GAMESS, которые далеко не полностью совместимы. Документация и руководства фрагментированы, примеры не запускаются в программе другой ветки, а сообщество пользователей разобщено. Учитывая откровенно неудобный синтаксис входных файлов GAMESS/Firefly, неразбериха с версиями на порядок усложняет поиск информации о смысле параметров. Остается только гадать, почему Firefly не сделали открытым. Учитывая огромную сложность квантовохимического ПО, авторам вряд ли нужно опасаться форков, которые могут подорвать их авторитет, а коммерческих целей проект и так не преследует. Вместе с тем, появление открытого аналога GAMESS привлекло бы к программе множество новых пользователей и, возможно, даже разработчиков. Тем не менее, этого не произошло и альтернативы NWChem среди открытых программ сейчас не видно.
